20世纪50年代末，在全国“大办农业，大办粮食”热潮中，为适应上海经济发展和文化建设的需要，上海市委作出了建立上海农学院（上海交通大学农业与生物学院前身）的决定。1959年，上海农学院应运而生，校址设在松江县（现松江区）城北。这是上海市历史上的第一所由地方政府主办的高等农业院校，掀开了上海高等农业教育的新篇章。1963年8月，因国家出现经济、财政困难，上海农学院停办。1978年10月，上海农学院在上海县七宝（现属闵行区）恢复重建。1999年9月，上海农学院并入上海交通大学，成立上海交通大学农学院。2002年3月，更名为上海交通大学农业与生物学院。2009年5月，进入教育部、农业部合作共建全国八所涉农高校行列。
并校以来，学院紧密围绕“创建世界一流农科”战略主线，形成并确立了“以农为本、需求牵引、特色发展、争创一流”的办学指导思想，着力加强学科建设、培养与引进高层次人才，努力提高办学层次、提升人才培养质量，各项事业取得了跨越式发展。学院现有全日制本科专业4个（植物科学与技术、动物科学、资源环境科学、食品科学与工程），一级学科硕士学位授权点6个（园艺学、畜牧学、生态学、食品科学与工程、植物保护、农业工程），二级学科硕士学位授权点2个（预防兽医学、作物遗传育种），一级学科博士学位授权点3个（园艺学、生态学、生物医学工程），专业硕士学位授权点3个（农业推广、兽医、食品工程）。拥有上海市重点学科1个（蔬菜学），建有蔬菜学、生态学博士后科研流动站。目前，学院教工人数243人，其中，专任教师155人，占教职工总数的64％。教师中，具有正高职称的教师占35%（55人），副高职称教师占45%（69人）；具有博士学位的教师占97%（150人），海外博士占28%（43人）；有一年以上海外学习经历的教师占78%（121人）。目前拥有冠名讲席教授4人，“万人计划”领军人才1人，上海交通大学名誉教授3人，新世纪优秀人才支持计划获得者2人，上海市优秀学科带头人4人，美国康奈尔大学唐氏基金获得者3人，国家现代农业产业技术体系岗位专家3人，国家公益性科研（农业）专项首席专家3人，国家优秀青年基金获得者2人。
学院坚持“以基础研究为主，向应用基础和应用研究拓展”的“顶天立地”科研定位，注重学科交叉发展和人才引育并举，科学研究取得了长足进步，国家级重大科研项目、科研经费、高水平论文量保持快速增长，农业科学、动植物科学和环境科学与生态学三个学科入选ESI全球前1%学科行列。近五年（2013-2017年）到位科研经费总计3.8亿元；获国家自然科学基金资助项目97项，其中重点项目3项；发表SCI论文761篇，获发明专利授权341件，实用新型专利授权21件、授权软件著作权25件，新品种审定31项。以我校为第一完成单位获国家科技进步二等奖1项、教育部科技进步一等奖1项和技术发明一等奖1项、上海市科技进步奖一等奖1项、上海市科技进步奖二等奖4项以及上海市技术发明二等奖1项。
学院确立了“通识教育、精英教育、创新教育”的教育理念；坚持“宽厚型、复合型、开放型、创新型”的人才培养目标，逐渐实现人才培养的四个转变，即由“应用向研究，专才向通才，教学向教育，传授向学习”的转变。积极探索综合性大学农科创新人才培养模式，改革本科生招生办法，2009年起，全部实现提前批次招生；与上海市农委签订联合培养农科人才协议，2015年起，食品科学与工程、园林专业与化学化工学院、生命科学与技术学院、环境科学与工程学院、药学院等6个专业在“生命与环境交叉平台”联合招生。截至2017年9月，我院共有本科生608人、研究生347人（博士171人）。
学院一直坚持开放办学，不断推进国际交流与合作，国际影响力和竞争力显著提升。在国际化师资队伍建设、国际化人才培养、国际学术交流和科研合作等方面取得显著成效。近十年来，学院与美国康奈尔大学、罗格斯大学、普渡大学、英国诺丁汉大学、荷兰瓦格宁根大学、日本东京农大、千叶大学、澳大利亚墨尔本大学、阿德莱德大学、以色列耶路撒冷希伯来大学、香港大学、台湾大学等30多个世界知名高校和科研机构建立了良好的合作关系。2010年至今，35位本科生通过2+2双学士学位项目赴康奈尔大学、普渡大学和罗格斯大学进行联合培养，顺利获得双学位后赴耶鲁大学、宾夕法尼亚大学、康奈尔大学等学校继续攻读硕士和博士学位；近三年来，教师年均出国学术交流和进修人数达到75人次、国际学术期刊编委和重要国际学术组织任职达到年均30余人次；本科生和研究生的海外游学率达到10%。
风雨兼程自强不息，承前启后再创辉煌。展望未来，学院将坚持“以农为本、需求牵引、特色发展、争创一流”的办学指导思想，努力实现创建世界一流农科的战略目标，通过学科、组织、人员三大结构调整，以未来国家农业发展的重大科技问题和战略需求为导向，以创新的系所矩阵式混合组织结构、团队制管理模式为核心，以“一体两翼”的结构模式，“顶天”、“立地”两支队伍为抓手，深化内涵和质量建设，凝练学科梯队，构建创新平台，加速推动跨越式发展，力争早日跻身国内外高水平农科院校前列。
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