莆田市人民政府是莆田市人民代表大会的执行机关，是莆田市的国家行政机关，对莆田市人民代表大会及其常务委员会和福建省人民政府负责，每届任期五年，实行市长负责制。

1968年6月5日，闽侯专区革命委员会成立，行使原专区党政机构双重职能。

1970年6月，福建省革命委员会调整行政区划，从晋江专区划出莆田县、仙游县2个县革命委员会归闽侯专区革命委员会管辖，同时将闽侯专区革命委员会机关从闽侯螺洲迁移至莆田城关。

1971年5月，闽侯专区革命委员会更名为莆田地区革命委员会，恢复设置中共莆田地区委员会，与莆田地区革命委员会合署办公，地委书记兼任地区革委会主任。 辖莆田、仙游、闽侯、闽清、福清、永泰、长乐、平潭8个县革命委员会。1973年9月，闽侯县革命委员会划归福州市革命委员会管辖。

部门管理机构

莆田市旅游局

莆田市机关事务管理处

莆田市城市管理执法局

派出机构

湄洲岛国家旅游度假区管理委员会

湄洲湾北岸经济开发区管理委员会