普陀山佛教协会,始立于清光绪三十四年(1908),时称“僧教育会”。民国二年(1913),改为普陀山佛教会,会长开如。后名称屡经更换。民国三十五年(1946),中国佛教会决议设立全国名山区佛教会。三十七年六月,成立中国佛教会普陀山直属支会,理事长善余法师。解放前夕,僧众四散,会务中辍。解放初,请尘空法师主持山务。1962年3月,成立普陀山佛教协会,下设生产委员会,实行农禅结合,自力更生。
1979年,落实宗教政策,僧尼陆续回山。1980年3月,恢复佛教协会,妙善老和尚当选会长,创“三统一”模式、“三不准”原则,统筹管理全山寺务,设颐养堂、佛学院与研究院,建造南海观音,开办普济医院,修复寺院34所,筹建宝陀讲寺、万佛宝塔等,复兴普陀名山。
2010年4月,佛教协会召开第五届代表大会,道慈大和尚当选会长,着力于道风道行、寺庵修建、文化兴教。截至2020年3月,佛协共收归六十五所寺院庵堂,已修复开放包含(包括新建)四大寺在内共四十四所,常住僧尼一千一百余人。
现今,普陀山佛教协会在各级党委政府的统一领导下,在市委统战部(市民宗局)和普陀山—朱家尖管委会的关心支持下,在以道慈大和尚为会长的佛教协会领导班子的正确带领下,认真贯彻党的宗教政策,高举爱国爱教旗帜,团结带领四众弟子,按照“一个法人、二级管理、统分结合”的组织管理体制,坚持集体领导、民主决策、规范管理原则,对全山寺院(单位)实行“三统一”管理,以“中国化、法制化、规范化、精品化”理念和“三四五”发展目标,努力实现普陀山佛教跨越发展。