阿坝州地处青藏高原东南缘,横断山脉北端与川西北高山峡谷的结合部,地貌以高原和高山峡谷为主。东南部为高山峡谷区,中部为山原区,西北部为高原区。长江上游主要支流岷江、大渡河纵贯全境,是黄河流经四川惟一的地区,是黄河上游的重要水源地。
复杂的地形地貌,多样的气候。气温自东南向西北并随海拔由低到高而相应降低。西北部的丘状高原属大陆高原性气候,四季气温无明显差别,冬季严寒漫长,夏季凉寒湿润,年平均气温0.8℃~4.3℃。山原地带为温凉半湿润气候,夏季温凉,冬春寒冷,干湿季明显,气候呈垂直变化,高山潮湿寒冷,河谷干燥温凉,年平均气温5.6℃~8.9℃。高山峡谷地带,随着海拔高度变化,气候从亚热带到温带、寒温带、寒带,呈明显的垂直性差异,海拔2500米以下的河谷地带降水集中,蒸发快,成为干旱、半干旱地带,海拔2500~4100米的坡谷地带是寒温带,年平均气温1℃~5℃,海拔4100米以上为寒带,终年积雪,长冬无夏。
阿坝州复杂的地形地貌、多样的气候,构成了独特的地理环境,保留下世界上别的地方早已绝迹的动植物资源,如熊猫、珙桐等活化石,保留了在工业文明中难以找到的静谧、古朴的壮丽自然景观,如九寨沟、黄龙等世界自然遗产。蕴藏了丰富的水能资源、矿产资源。生态环境的独特性为发展生态农牧业提供了天然的优势。