西藏和平解放以来，随着民族教育事业的创办和发展，教育行政管理机构及职能不断变更和完善。50年代初期，中央人民政府在西藏各地积极创办小学和中学，教育工作主要由中共西藏工委宣传部及各分工委宣传部领导和管理。
1956年4月，建立了自治区筹委会文教处，管理全区文化教育事业。1965年，西藏自治区成立，下设自治区文教厅，地(市)设文教局，县设文教卫生科，全区教育行政管理系统基本建立。“文革”开始后，全区各级教育行政管理机构先后瘫痪或撤销。1978年后，全区教育行政管理机构恢复。80年代初，西藏调整了教育管理体制，地(市)中小学，由地、市文教局直接管理;县中小学，由县文教卫生科直接管理。1984年，全区各地(市)成立教育局，各县陆续设立县教育局，并确定了人员编制。至此，全区建立健全了教育行政机构和管理体制，明确了部门职能。
1990年5月，自治区智力引进受援办公室成立，为独立县级建制，挂靠自治区教科委。1992年1月，自治区党委决定撤销自治区教育科技委员会，成立自治区教育委员会，内设办公室、政工人事处、大中专教育处、中小学教育处、成人教育处、计划财务处、招生办公室、智力引进办公室。下属有拉萨中学、教材编译局、电化教育馆、教育考试管理中心、民族教育研究所等5个县级事业单位和区实验幼儿园、教学仪器供应站等2个区级事业单位。
1992年3月，中共西藏自治区教育工作委员会成立，撤消自治区教科委党组。
1993年7月，“西藏自治区智力援藏受援领导小组”更名为“西藏自治区智力引进领导小组”。1996年2月，自治区教育督导委员会成立，下设教育督导室，挂靠自治区教委。8月，区直单位进行机构改革，自治区教育委员会机关行政编制115名。独立事业单位六个，编制409人。
2000年4月，自治区教育委员会更名为自治区教育厅。目前教育厅内设机构为：办公室(政策法规处)、基础教育处、职业教育处、高等教育处、学生处、师资管理处、德育处(体育卫生艺术教育办公室)、教育合作交流处、教育督导室、计划财务审计处、纪工委(监察室)、政工人事处(机关党委、教育工会、教育工委办公室)。厅属事业单位有：机关后勤服务中心，自治区教育厅高校毕业生就业指导服务中心，自治区教育考试院，自治区教育科学研究所，自治区教材编译中心，自治区电化教育馆，自治区拉萨中学，西藏职业技术学院，自治区实验幼儿园。
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