水木社区是2005年3月16日水木清华BBS封禁校外IP后不久，原站务委员会即开始筹备新站，同时通报学校，说明在局面不可扭转的情况下将部分版面转移到公网发展，但只限于在“校内交流平台”下生存、发展存在困难的，新站将不保留系版、协会版等校内交流版面。
4月9日水木社区开始内部测试，只允许BBS水木清华站现任版主和前任版主参与，4月21日开始，允许每个版面推举十名核心用户参与测试。此时，水木社区最高上线人数超过3000人，与水木清华BBS持平。5月12日，水木社区开始公开测试，开放了在23端口的telnet服务，同时开放了telnet和web方式下的guest访问权限。截至下午4时许，最高同时在线人数超过5600人。5月25日，社区最高同时在线人数超过10000人。
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